Od sedmdesátých let 13. století se střídali majitelé. Roku 1340 byla Bechyně v držbě pánů ze Šternberka (znovu v letech 1477 až 1530, následně 1596 až 1715), od nichž ji v roce 1367 získal markrabě Jošt. Za Bechyňů z Lažan, na přelomu let 1422 až 1423, došlo k vypálení města husitským hejtmanem Janem Hvězdou z Vícemilic. Hrad byl ale dobyt Prokopem Holým až v roce 1428.
Z nejstaršího sídla, přestavovaného zejména v roce 1477 a pak v letech 1510 až 1527, jsou dodnes dochovány části dvou podélných staveb, spojených příčným křídlem, které bylo v době renesance připojeno k nově vybudovanému tzv. Vokovu zámku. Čtvrté křídlo, ukončující jižní stranu nádvoří, bylo v roce 1791 strženo.